Индекс волшебства II

Индекс, персонаж, хранящий в памяти 103 тысячи запрещённых текстов, остаётся целью нескольких магических организаций. Эти группы намерены получить доступ к хранящейся в её сознании информации для собственных нужд. События разворачиваются в Академия-Сити, где расположены научно-исследовательские учреждения и школы.

Тома Камидзё, знакомый Индекс, периодически оказывает ей поддержку в ситуациях, связанных с преследователями. Микото Мисака и другие знакомые также вовлекаются в происходящее. Развитие событий определяется взаимодействием между хранительницей знаний и теми, кто стремится их использовать.