Некий научный Рейлган S

Микото Мисака является эспером уровня 5 в Академия-Сити. В ходе событий она узнает, что её ДНК, полученное в детстве, было использовано для создания клонов. Эти клоны были выращены с целью стать участниками эксперимента по созданию эспера уровня 6. В рамках эксперимента значительное количество клонов было уничтожено. Микото воспринимала каждую копию как отдельную личность, и их гибель становится для неё значимым событием.

Второй сезон «Рейлгана» показывает, какие последствия этот эксперимент имел для Микото и её подруги Куроко Сираи. Сюжет раскрывает, как персонажи сталкиваются с результатами опытов над клонами и каким образом это влияет на их дальнейшие действия в Академия-Сити. В центре внимания остаются попытки героинь справиться с ситуацией и предотвратить повторение подобных экспериментов.