Z/X: Код воссоединения

После завершения вооружённого конфликта между человечеством и зексами — существами из пяти параллельных миров — стороны заключили перемирие. Для поддержания стабильности создаётся специальная программа, в рамках которой формируются пары из человека и зекса. В центре сюжета находится Адзуми Кагамихара, девочка с ослабленным здоровьем. Её партнёром становится Ригель, зекс из Голубого Мира, отличающийся, по описанию, сдержанным и расчётливым поведением.

Адзуми поступает в Академию Фудзимисаки — учебное заведение, построенное для подготовки таких пар. Там она знакомится с другими ученицами, каждая из которых также состоит в паре с зексом. Учебная программа включает регулярные тренировки, направленные на развитие навыков взаимодействия между человеком и существом из другого мира. Дальнейшее развитие событий зависит от того, как Адзуми и её одноклассницы справятся с обучением и предстоящими испытаниями. Какие именно цели ставит перед ними академия и с какими трудностями им придётся столкнуться, раскрывается по мере повествования.