Кобаяси настолько милые, что аж больно!

Разнояйцевые близнецы Мэгуму Кобаяси и Мицуру Кобаяси изначально посещают школу, периодически меняясь местами. В результате такого обмена Мэгуму оказывается в учебном заведении для мальчиков, где обучаются учащиеся с дисциплинарными проблемами. В то же время Мицуру поступает в школу совместного обучения, где занятия проводятся для учеников обоих полов. Различие в учебных условиях формирует основу для дальнейшего развития событий.

Каждый из близнецов сталкивается с новой средой, к которой необходимо адаптироваться. Мэгуму предстоит найти способ взаимодействия с одноклассниками, склонными к нарушению правил. Мицуру, напротив, оказывается в более привычной обстановке, но вынужден учитывать последствия подмены личности. Дальнейшие события разворачиваются вокруг попыток близнецов сохранить свой секрет и справиться с последствиями первоначального обмена.