Югио! Новое поколение

События разворачиваются во вселенной аниме и манги «Югио!». Дуэльная академия — престижное учебное заведение, готовящее профессиональных дуэлянтов. Центром повествования становится Дзюдай Юки, который поступает в академию. После вступительного экзамена его распределяют в общежитие «Красный Осирис» — одно из трёх общежитий, различающихся по уровню престижа. Там он знакомится с Сё Маруфудзи, а также встречает своего основного соперника Дзюна Мандзёмэ из привилегированного общежития «Синий Обелиск.

Дзюдай начинает обучение, участвует в дуэлях и постепенно сталкивается с вызовами, которые проверяют его навыки. Отношения с однокурсниками и соперниками формируют его путь в академии. В процессе он сталкивается с различными противниками и угрозами, характерными для мира дуэльных монстров. Цель персонажа — добиться выдающихся результатов и получить титул короля дуэлей.