Исчезновение Харухи Судзумии

В середине декабря глава школьного клуба SOS Судзумия Харухи объявляет, что Рождество участники проведут в комнате клуба за ужином. Все члены SOS начинают подготовку к мероприятию. Спустя несколько дней по пути в школу Кён замечает, что разговор с одноклассником Танигути не складывается. Танигути внезапно заболел и не помнит их вчерашнего разговора. В классе отсутствует Харухи, а на её месте сидит Рёко Асакура — персонаж, ранее уничтоженный. Асакура ведёт себя так, будто ничего не произошло.

Микуру Асахина не узнаёт Кёна. Юки Нагато оказывается обычной девушкой и единственным членом литературного клуба. Выясняется, что бригада SOS и Харухи никогда не существовали в этой школе. Кён сталкивается с изменённой реальностью, в которой все знакомые ему события и взаимоотношения исчезли. Причина этих изменений остаётся неясной, и Кёну предстоит разобраться в произошедшем.