Евангелион нового поколения: Конец Евангелиона

После уничтожения последнего Ангела организация Nerv остаётся без прежних противников. Основным антагонистом становится Seele — группа лиц, контролирующих человечество. Пилот Евангелиона Синдзи Икари оказывается перед выбором между сохранением индивидуальности людей и отказом от неё в пользу коллективного существования.

Руководитель Nerv Гэндо Икари готовится запустить проект совершенствования человечества. Для этого он использует Рей Аянами и сущность Лилит. Фильм «Конец Евангелиона» представляет собой альтернативную концовку к последним сериям оригинального сериала, предлагающую иное развитие событий.