Детектив Конан: На перекрёстках древней столицы

Неизвестный самурай в маске совершает убийства пяти человек в разных городах Японии - троих в Токио, одного в Осаке и одного в Киото. Полиция устанавливает, что все жертвы являлись членами банды Гэндзиботару, специализировавшейся на краже буддийских статуй и артефактов. Преступники действовали под псевдонимами слуг исторической фигуры Минамото-но Ёсицунэ. Расследование не дает результатов из-за отсутствия улик и сведений о других участниках банды.

Храм в Киото приглашает детектива Когоро Мори после получения анонимного письма с головоломкой. Монахи надеются решить загадку и вернуть утерянную статую. В это же время Конан Эдогава и школьный детектив Хэйдзи Хаттори объединяют усилия для поиска убийцы. Хаттори параллельно разыскивает свою подругу детства. Используя знание Киото, они изучают улики. Преступник совершает новое убийство члена банды и после нескольких покушений на Хаттори похищает его возлюбленную. Конан и Хаттори пытаются найти скрытые улики, чтобы остановить самурая и спасти заложницу.