Айка Зеро

В центре событий находится Айка Сумэраги, которой на момент повествования 19 лет. Это на три года больше, чем в предыдущей части R-16, и на семь лет меньше, чем в серии "Агент Айки". В женской академии происходят необычные происшествия: ученицы вступают в закрытый внутренний клуб, после чего их похищает неизвестное существо. Существо устанавливает контроль над похищенными девочками специфическим способом.

Айка пролетала на самолете мимо академии в тот момент, когда произошло одно из таких похищений. Неизвестные напали на неё, пытаясь помешать приблизиться к месту событий. Это нападение вызвало у Айки интерес к происхождению инцидента. Затем к расследованию похищений подключаются её бывшие партнеры по R-16. Сюжет включает сцены экшена и элементы, характерные для данной серии.